潔凈車間的維護結構有很多構造上的縫隙，如墻壁或頂棚部位的板材安裝縫，高效過濾器送風口、燈具的安裝縫，門窗、回風口的安裝縫以及管線穿孔等；僅僅采用正壓措施的想法是不全面的，因為某些產品生產用潔凈車間還要求與鄰室保持壓，而且并非只采取正壓措施便能防止污染或交叉污染，應首先采取積極措施，從減少構造縫隙和加強縫隙構造的氣密性著手，把空氣泄漏或污染降至最低限；潔凈車間維護結構與門窗等的氣密性乃是潔凈車間設計、建造的必要條件，沒有這樣的條件，想保持潔凈操作環境，不僅在多數情況下會造成運行費用增加，有時甚至無法實現。

潔凈車間的門窗材料應選擇自然變形小、制作尺寸誤差小，并易控制縫隙，氣密性好的材料；對于無菌室門窗，規范嚴格規定不得使用木制品；空調區與非空調區之間的窗戶要設雙層窗，至其中一層為固定窗，不同潔凈級別潔凈車間之間的聯系門要密閉、平整，造型簡單，且門應向級別高的方向開啟；門窗的密封材料有橡膠條、硅橡膠、密封膠及單、雙面壓敏膠帶等。平開式密閉門是潔凈車間中選用最多的門類型，平時供同行或者運輸 ，供緊急疏散，一般選用成型斷面的彈性材料作為密閉條固定密封在縫隙處。密閉條應沿活動縫隙的周邊連續敷設，以便在門關閉后形成一圈封閉環形的密封線，當密閉條被分別設置在門樓和門扇的兩處時，就必須注意兩者有很好的銜接，盡量減少密閉條在門縫處的中斷間隙。物料入口處的門外和潔凈車間生產區直接通向室外的外門，為了可靠地防止室外空氣侵入，除設有氣閘和雙重門之外，樘與扇的斷面也比一般內門用料大很多，通常采用兩道密閉條，形成兩道密封防線；為使密閉條適應斷面小、受力后壓縮量大而能與壓緊構件有足夠的接觸和良好密封條件，通常把它們做成不同類型的橡膠制空腹薄壁異型管材，并且多為模具成型商品；從潔凈與受力要求來看，選用的密閉條材料應不起塵、不積塵、抗水、防霉變、耐磨、富有彈性、不易老化。

高效過濾器的安裝和密封直接影響潔凈車間的潔凈效果，固定高效過濾器的骨架材料須平整并具有良好的剛度、防火和不發塵；一般鋼材骨架須防止生銹，表面層應作鍍鋅處理，施工安裝時表面仍難免受破損時，還需用涂料進行局部修補，也可采用鋼骨架表面直接噴涂高強耐老化的涂料；無論采用何種骨架，都應注意骨架構件間的連接嚴密和平整，否則會使安裝高效過濾器的基層界面高低不平，直接影響密封質量；在垂直單向流潔凈車間中，高效過濾器的安裝也有上裝式和下裝式之分，在水平單向流潔凈車間中，高效過濾器最好在送風靜壓室內安裝，這不但便于密封、檢漏和堵漏，而且當潔凈車間潔凈空調系統作間隙運行時，還可以避免由于過濾器及其壓框上的積塵影響室內潔凈度。

潔凈車間密封嵌縫措施能夠防止空氣滲透、新風短路以及裂縫處和不同材料交接處塵粒散落，是保持室內正壓和提高空氣潔凈度的必要措施；對于鋼材、鋁材、玻璃、陶瓷、混凝土、水磨石以及彈性橡膠材料等都要有良好的黏結力，在縫隙窄而基層光滑的情況下，能長期牢固地附著在界面上；要有一定的彈性，以適應縫邊配件可能產生的變形，適應一定的沖擊荷載，不致開裂，保持氣密。

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