一、二級生物安全實驗室為普通實驗室，技術要求相對不高。三、四級生物安全實驗室(以及研究非本土動物病原體的BSL-3級實驗室)由于從事高危害性微生物研究，具有嚴格的技術要求。為了防止，污染環境和感染、傳播疾病，此類實驗室要求處于完全的隔離無害狀態。從防護的角度出發，關鍵是處理好空氣的隔離和排水的無害化。實驗室內一般沒有不同級別的防護區，每個防護區具備合理的壓力梯度以杜絕防護區間空氣互相串通，一般是從外到里，壓力遞減。就技術措施而言，防護區間空氣的隔離容易實現，但對于排水的無害化要求，則由于排水系統二相流的特性和消毒的復雜性不太容易做到。因此，在三、四級生物安全實驗室排水系統設計中，必須采取安全、可靠、完善和合理的技術措施以保證防護區域內排水的無害化，實現安全防護。要達到這一目的，首先要求三、四級生物安全實驗室排水系統獨立設置(如無條件獨立設置則要求進行無害化處理)；其次要求每個防護區域內水氣流不能互相串通；再次是所有源自防護型實驗室、用于清除污染的傳遞間和浴室、衛生間大便器的排水以及防護區內II級及以上生物安全柜的污水，在最終排往下水道之前，必須經過凈化消毒處理。簡而言之設計的關鍵點在于通氣隔離和排水消毒。
在排水系統設計中，要想隔絕排水管內的氣流互竄是通過排水支管上設存水彎的水封作用來實現。但存水彎在使用過程中有可能因以下原因造成存水彎的水封被破壞。即：
(1)負壓抽吸；?
(2)正壓噴濺；
(3)自虹吸；
(4)水封高度不夠；
(5)長時間不用水封內的水蒸發等水封被破壞；
(6)慣性晃動。
為防止水封不被破壞就要向排水管內補充空氣，使水流暢通，減小氣壓變化幅度，可采取以下措施：
(1)安裝通氣管；
(2)安裝排水止回閥；
(3)安裝吸氣閥；?
(4)水封高度加高；
(5)經常向存水彎補水；
(6)增加密閉蓋。
此外大便器排水管設計的不合理，也會造成相鄰其他排水設施水封被破壞，發生氣流互竄。
大便器的排水是不穩定的非均勻流(大便器的支管上更為明顯)，在短時間內會形成水躍，使水面壅起，瞬間充滿管道斷面，流速增加，動能亦增加。一定時間后水面下降，流速下降。故在短時間內會發生壓力變化。
根據國家標準GB6952-2005《衛生陶瓷》要求，坐便器沖水距離≥12M，市場上有的水平噴射距離超過18米。也就是說18米的管道內都有可能發生壓力變化。當不同防護要求的其他排水設施與大便器共用一套排水橫管時，彼此間至少要保持大于18米的距離。在工程上，這一距離有時難以保證。因此，為徹底防止氣流互竄，在四級的生物安全實驗室防護區內的大便器排水應單獨排出。
排水的無害化，首選加熱消毒(高壓滅菌)法。
在實驗室核心工作區內應設置不排蒸汽的高壓蒸汽滅菌器。對三、四級生物安全實驗室一般常用的是專用雙扉高壓滅菌。雙扉高壓滅菌器既可以是下排氣式，也可以是預真空式，其特點是高壓滅菌器有兩道門，能確保滅菌過程中所產生的廢水、冷凝水、廢氣等在排放之前進行安全滅菌處理。
下排氣式高壓滅菌器是蒸汽在壓力作用下進入滅菌器，由上而下置換較重的空氣并通過滅菌器的排氣閥排出。
預真空式高壓滅菌器可以在蒸汽進入前使空氣從滅菌器排出，并且可以在134℃下進行，通常一側處于相對污染區，另一側處于相對清潔區。滅菌器的排水可在污染區一側，也叮以在清潔區一側排放(由工藝專業確定排放位置)。
雙扉高壓火菌器具運行時的蒸汽經設備的熱交換器做冷卻處理后，以水狀態排水。瞬間排水最高溫度可達100℃最大流速為2.62m3/h。如排水點設在污染區，為了防止病毒的泄漏，一般直接連接在室內排水管上。由于瞬間排水有溫度高、瞬時流速快的特點，在鄰近火蔭器排水點的其它排水的水封容易破壞，熱氣從管子里往外冒，為了避免此現象，建議單獨設排水管。當排水點設在清潔區時，叮采用間接排水，降溫后排地漏。
污水在排出前，還需將pH值調至中性。
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